药师殿是供奉药师佛的殿堂。
　　药师，又作药师如来、药师琉璃光如来、大医王佛、医王善逝、十二愿王。为东方净琉璃世界之教主。此佛于过去世行菩萨道时，曾发十二大愿，愿为众生解除疾苦，使具足诸根，导入解脱，故依此愿而成佛，住净琉璃世界，其国土庄严如极乐国。此佛誓愿不可思议，若有人身患重病，死衰相现，眷属于此人临命终时昼夜尽心供养礼拜药师佛，读诵药师如来本愿功德经四十九遍，燃四十九灯，造四十九天之五色彩幡，其人得以苏生续命。此种药师佛之信仰自古即盛行。
　　药师佛之形像，据药师琉璃光王七佛本愿功德念诵仪轨供养法载，左手执持药器（又作无价珠），右手结三界印，着袈裟，结跏趺坐于莲花台，台下有十二神将。此十二神将誓愿护持药师法门，各率七千药叉眷属，在各地护佑受持药师佛名号之众生。
　　又一般药师佛流传之像为螺发形，左手持药壶，右手结施无畏印（或与愿印），日光、月光二菩萨胁侍左右，并称为药师三尊。此二胁侍在药师佛之净土为无量众中之上首，是一生补处之菩萨。亦有以观音、势至二菩萨为其胁侍者。此外，或以文殊师利、观音、势至、宝坛华、无尽意、药王、药上、弥勒等八菩萨为其侍者。